Chùa Phước Hậu xứng danh là một Tổ đình, bởi đây là nơi trụ trì hành đạo của nhiều vị hoà thượng có học vấn uyên bác, có tinh thần yêu nước và xu hướng tư tưởng tiến bộ. Nhiệm chủ đời thứ hai là Hoà thượng Khánh Anh trụ trì từ năm 1939 đến năm 1961, ông là một học giả lỗi lạc của Phật giáo Việt Nam thế kỷ XX. Ông có công rất lớn trong việc nghiên cứu và giảng dạy Phật học ở Nam Bộ, đào tạo nhiều thế hệ tăng ni trong đó có các vị đã trở thành rường cột của Giáo hội như Thiện Hoà, Chí Thiện, Thanh Từ, Diệu Linh, Diệu Tỉnh...ông còn biên soạn nhiều kinh điển, phiên dịch nhiều tác phẩm phật học có giá trị. Thiền sư Khánh Anh không những tinh thông kinh kệ mà còn giỏi văn thơ, trong đời thường cũng như trong chữ nghĩa ông đã để lại trong lòng các môn đệ hình ảnh một người có tâm hồn lạc quan, rộng lượng và giàu lòng yêu nước, ông là một trong những người đã tích cực vận động cho phong trào thống nhất Phật giáo Việt Nam. Thiền sư Khánh Anh được đề cử vào chức vụ cao nhất của giáo hội vào năm 1959, sau khi Thiền Sư Khánh Anh tạ thế năm 1961, người kế nghiệp là Thượng toạ Thiện Hoa tiếp tục làm rạng rỡ thêm truyền thống của chùa Phước Hậu, là một cao tăng xuất gia từ năm lên bảy tuổi, ông đã giành trọn cuộc đời để phát huy những thành quả của các bậc tôn sư, ông dày công biên tập và xuất bản hàng trăm tác phẩm để quảng bá tư tưởng Phật giáo yêu nước và tiến bộ cho công chúng trong hoàn cảnh Miền Nam đang bị xâm lược bởi chủ nghĩa thực dân mới. Ông cũng là người đã góp phần to lớn làm cho học viện ấn Quang trở thành một trung tâm đào tạo cán bộ, một cơ sở hành pháp có uy thế có sức mạnh đoàn kết tăng ni phật tử vào cuộc đấu tranh vì hoà bình, vì độc lập tự do. Chùa Phước Hậu dưới sự cai quản của ông càng tỏ rõ hơn ngôi vị một tổ đình, nơi mà chân tu phước đạo đã trở thành truyền thống đến ngày nay.